- 05:12 京浜東北線［蒲田－東京方面］遅れ(10～30分) 乗務員トラブルのため遅延
- 05:28 メトロ日比谷線［六本木－］その他 駅員が客に暴言をはき、客が激怒、北千住方面多少発車がおくれた。
- 06:00 成田線遅れ(10～30分) 詳細なし
- 07:00 小牧線［犬山－平安通］遅れ(10分未満) 詳細なし
- 07:02 JR京都線［向日町－桂川］止まっている 詳細なし
- 07:02 東海道本線［京都－大阪］止まっている 京都駅構内で貨物列車の異常事態が原因で、安全確認のために上りの快速列車が暫く西大路駅に停車中。
- 07:07 田園都市線［たまプラーザ－中央林間］遅れ(10分未満) 7時2分発が7時6分発と4分の遅れ
- 07:26 東海道線［西大路－桂川］遅れ(10～30分) 下り、外側線運転見合せ
- 07:41 宇都宮線止まっている 走行中異音
- 07:45 宇都宮線［間々田－］止まっている 野木～間々田にて走行中異音のため、運転見合わせ。
- 07:53 宇都宮線［間々田－］運転再開 上り10分遅れで運転再開 下り15分遅れ
- 07:56 ＪＲ京都線遅れ(10～30分) 異常音発生のため。
- 07:57 宇都宮線/新宿湘南ライン［古河－大宮］運転再開 安全確認できたので、運転再開らしい！ ただ15分以上のダイヤ乱れあり
- 08:00 ＪＲ神戸線［尼崎～－三ノ宮］遅れ(10～30分) 貨物列車が異音を検知、安全確認のため。なぜ復旧後も遅れているかは不明
- 08:19 JR京都線遅れ(10～30分) 大阪・神戸方面の電車に遅れ。大阪止まりに行先変更も。京都方面は通常運転。
- 08:31 青梅線［青梅－立川］遅れ(30分以上) 詳細なし
- 08:33 有楽町線［上り－］遅れ(10分未満) 二分後続車両遅延
- 08:35 宇都宮線［宇都宮－上野］遅れ(10分未満) 詳細なし
- 08:40 山手線止まっている 新宿で人身事故 復旧未定。
- 08:40 中央線快速止まっている 詳細なし
- 08:40 中央線［新宿－東京］止まっている 緊急無線信号受信
- 08:41 中央線快速［新宿－四ッ谷］止まっている 緊急停止信号なり続けてる
- 08:42 山手線［新宿－］止まっている 運転再開まで時間がかかりそう
- 08:42 山手線［高田馬場－］止まっている 恵比寿で人身。運転見合わせ中
- 08:43 山手線運転再開 詳細なし
- 08:45 山手線［池袋－新宿］止まっている 新宿で人身事故のため。
- 08:45 有楽町線［上り－］遅れ(10分未満) ５分遅延 運転間隔調整
- 08:47 中央線遅れ(10～30分) 中野駅運転再開
- 08:53 中央線遅れ中［全線－］遅れ(10～30分) 車両停電のため
- 08:55 北陸［大阪－高岡］遅れ(10～30分) 京都線の影響は北陸方面行きにもあり！
- 09:28 京急本線遅れ(10分未満) 詳細なし
- 09:50 JR神戸線その他 新快速、姫路発10:27までなし。宝殿駅折り返し運転中
- 09:55 室蘭本線［東室蘭－］遅れ(10～30分) 先ほどの地震による遅れ
- 10:33 つくばエクスプレス［秋葉原－守谷］遅れ(10～30分) 運転中だが遅れてる
- 11:00 埼京線［浮間舟渡－戸田公園］遅れ(10分未満) 各停大宮行きに２分遅れ
- 11:31 JR神戸線［全区間－］遅れ(10～30分) JR京都線内での車両点検の影響。
- 12:13 湘南新宿ライン［土呂－］止まっている 緊急停止無線
- 12:13 湘南新宿ライン［土呂－］止まっている 非常停止 緊急停止無線
- 12:17 湘南新宿ライン運転再開 理由放送無し
- 12:54 東武東上線［池袋－川越市］遅れ(10～30分) 川越市駅において副都心線直通渋谷行きの列車車両点検を行ったため。
- 13:21 総武線止まっている 詳細なし
- 13:22 総武線快速線［津田沼－東京］止まっている 下総中山駅でブザー発砲。 １０分近く動かず、今なお継続中
- 13:23 総武線止まっている 本八幡駅で下り車両点検で上下線運転見合わせ 何かとぶつかったらしい
- 13:27 総武線［市川－千葉］止まっている 市川で停止
- 13:29 総武線［本八幡－新小岩］止まっている 本八幡での安全確認の為
- 13:29 総武快速線［千葉－東京］止まっている 本八幡駅で何かと衝突。 調査の為、総武線と共に見合わせ。復旧の目処なし
- 13:37 阪急神戸線［全線－全線］遅れ(10～30分) 高速神戸付近にて車輌故障のため大阪方面電車に10分の遅れ
- 14:05 越後線［吉田－新潟］遅れ(10分未満) 弥彦発新潟行き、途中内野時点で6分程度遅れ
- 14:17 総武線 各駅停車 ［小岩駅－］止まっている 小岩駅での人身事故
- 14:18 総武線 各駅停車［小岩駅－］止まっている 小岩駅での人身事故で停車中
- 14:22 総武線［船橋－東京］止まっている 小岩にて人身事故
- 14:24 常磐、千代田線［亀有－代々木上原］遅れ(10分未満) 詳細なし
- 14:25 中央線［東京－］止まっている 何故か小岩の人身事故の影響で中央線も運転見合わせ
- 14:28 総武快速線［津田沼－］遅れ(10分未満) １４時３０分頃運転再開とのこと 総武快速線車内放送にて確認
- 14:32 小田急江ノ島線［相模大野－片瀬江ノ島］止まっている 人身事故
- 14:33 総武快速線［津田沼－］止まっている 横須賀線直通運転は中止で、東京止まりとのことです。
- 14:35 総武快速線［津田沼－］運転再開 動き始めました
- 14:38 小田急線［藤沢－相模大野］止まっている 六会日大前～湘南台で人身事故。復旧まで時間かかる。
- 14:47 横須賀線その他 総武快速線への直通中止 全て東京折り返し
- 14:53 関西本線［王寺－奈良］止まっている 踏切で事故
- 14:55 総武線各駅停車［市川－］遅れ(10分未満) 約8分程度の遅れ
- 15:02 総武線快速 下り［東京－］遅れ(10～30分) 15分位遅れ
- 15:20 大和路線［奈良－王寺］止まっている 電線トラブル
- 15:43 小田急江ノ島線［町田－］運転再開 ほぼ定刻通り(各駅41分発が42分に出ました)
- 15:44 大和路線［王寺－奈良］止まっている 詳細なし
- 15:46 小田急線［新百合ヶ丘－片瀬江ノ島］その他 人身事故の影響が残り、急行片瀬江ノ島行きは通常運行だが、快速急行藤沢行きは運休
- 16:05 外房線［大網－千葉］遅れ(10分未満) 詳細なし
- 16:34 小田急江ノ島線遅れ(10～30分) 詳細なし
- 17:17 大和路線その他 王寺から法隆寺、大和小泉へはタクシー代行運転有 奈良へは近鉄生駒線で生駒で近鉄奈良線に乗り換え
- 17:18 JR桜井線［和歌山－奈良］その他 上り列車に遅れ有り、との無人駅でのアナウンス
- 17:23 東北本線［貝田－藤田］遅れ(30分以上) 倒木 電車接触
- 17:27 JR大和路線［王寺－奈良］その他 運転再開見込み 18時17分発から運転再開予定
- 17:58 東北本線［仙台－一ノ関］遅れ(10～30分) 16分遅れで発車
- 17:59 仙山線遅れ(10分未満) 詳細なし
- 18:04 京王線［調布－新宿］遅れ(10分未満) 京王相模原線待ち合わせのため
- 18:09 気仙沼線［仙台－気仙沼］遅れ(10～30分) 南三陸3号11分遅れで発車。
- 18:29 琵琶湖線［京都－］遅れ(10分未満) 茨木駅で急病人対応のため
- 18:33 2009/12/28 17:27 JR大止まっている 運転再開。若干の遅れ有り。
- 18:53 篠栗線［原町－柚須］止まっている 上記区間で踏切事故
- 18:57 大阪環状線［天王寺－外回り］遅れ(10分未満) 約2分遅れ
- 19:07 JR神戸線西行［神戸－］遅れ(10分未満) 普通と快速が3～4分遅れ
- 19:37 大阪環状線・阪和線［新大阪－和歌山］遅れ(10～30分) 新大阪駅にて回送列車に急病人発生の為、救護活動。16分の遅れ。
- 19:59 ＪＲ阪和線［天王寺－］遅れ(10分未満) 19時52分天王寺発関空紀州時快速は、1分程度の遅れにて発車しています。
- 20:00 総武・中央緩行線遅れ(10分未満) 飯田橋にて安全点検のため4分遅れ
- 20:17 JR仙山線［山形－仙台］遅れ(10～30分) 詳細なし
- 21:38 山手線［－池袋新宿］止まっている 詳細なし
- 21:38 常磐線［南千住－三河島］止まっている 防護無線なってる
- 21:41 常磐線［南千住－三河島］運転再開 常磐線には運行支障無し。 山手線日暮里駅でホームから転落事故の模様
- 21:41 山手線外回り止まっている 日暮里駅で線路に人が倒れているため救護活動中
- 21:42 山の手線［池袋－上野］止まっている 詳細なし
- 21:44 山手線内回り運転再開 詳細なし
- 21:45 山手線内回り［浜松町－］止まっている 日暮里駅で人が線路内で倒れたとのこと。京浜東北線は動いてます
- 21:46 山手線遅れ(10分未満) 山手線運転再会しました。約7分遅れとのことです。
- 21:51 ＪＲ東海道線［尾張一宮－岐阜］遅れ(10分未満) 急病人対応で止まってます。今運転再開しました。尾張一宮、21時41分発新快速米原行き8分遅れで発車しました。
- 21:52 小田急線［新百合ヶ丘－小田原］遅れ(10分未満) 新百合ヶ丘駅で電車が人と接触のため
- 21:53 山手線［恵比寿－］止まっている 恵比寿駅で、急停車。 ホームから人が転落したとのこと。
- 21:53 山手線止まっている 恵比須駅にて人が転落
- 21:53 山手線運転再開 恵比寿駅埼京線ホームで転落のため緊急停止
- 21:54 山手線止まっている 恵比寿駅に人転落
- 21:55 山手線外回り運転再開 外回りは安全確認とれたため再会 内回りは止まったまま
- 21:55 山手線［内回り－内回り］止まっている 恵比寿駅にてホームから人が転落のため運転見合せ
- 21:56 埼京線［大崎－恵比寿］遅れ(10分未満) 恵比寿駅での転落の影響を受け、列車詰まりが発生中
- 21:59 山手線内回り運転再開 恵比寿駅救護完了
- 22:01 山手線［内回り－内回り］運転再開 恵比寿駅でホームから人が転落し運転見合せをしていたが安全確認ができたため10分遅れで復旧。
- 22:02 山手線遅れ(10～30分) 山手線 恵比寿駅で安全の確認がとれて運転再会。約16分遅れとのことです。
- 22:19 東急田園都市線［市が尾－］遅れ(10分未満) 乗客介抱のため７分遅れ
- 22:20 東急田園都市線遅れ(10分未満) 市が尾ー藤が丘にて 線路に人が立ち入ったため
- 23:02 千代田線遅れ(10分未満) 詳細なし
- 23:06 東海道線［東京－］その他 2303発が車両点検で3分遅れ
- 23:13 常磐線［友部－蒲田］遅れ(10～30分) 詳細なし
- 23:13 東武伊勢崎線［春日部－］遅れ(10分未満) 詳細なし
- 00:04 宇都宮線［さいたま新都心－大宮］その他 最終の宇都宮行き(0:02発)は定刻に出発しました
- 00:11 総武線各駅下り［船橋－千葉］遅れ(10分未満) 5分遅れ。
- 00:19 京浜東北［大森－蒲田］遅れ(10分未満) 大船行き最終は3分遅れ
- 00:29 横須賀線［横浜－］遅れ(10～30分) 東海道線が遅れてるので接続待ちです。約１０分遅れくらい。
- 00:42 京葉線［東京－］遅れ(10～30分) 山手線接続のため最終15分遅れで48分頃発車予定。